Mi coche esta dado de alta en el sistema de la DGT y aun así no veo el descuento en la app.

Comunícate directamente con la DGT y verifica que realmente estés dado de alta o que tu permiso no este caducado. 

Por otro lado, recuerda: Los descuentos y tarifas especiales para este tipo de coches no son obligatorios, por lo que dependiendo de la ciudad donde aparques podrás tener o no reducción.